ZOOM Lite

Beskrivelse

ZOOM Lite er en næste generation af sekvenseringssoftware til kortlægning og visualisering af data. Brugere indtaster referencegenomer og Illumina/Solexa kortlæser filer eller AB SOLiD-farverum læser filer i forskellige formater, såsom * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta osv. ZOOM output kortlægningsresultaterne for disse korte læser på referencesekvensen. ZOOM Lite har en hurtig og nøjagtig kortlægningskerne baseret på en nydesignet teori med flere afstandsfrø. Både single-end og par-end-læsninger af forskellige længder fra 15bp til 240bp kan håndteres. Ethvert antal uoverensstemmelser og en indsættelse/sletning af forskellige længder mellem læsningen og dens målregion i referencesekvensen er tilladt. Unikt kortlagte resultater eller bedste (øverste N) resultater for hver aflæsning rapporteres i henhold til minimale uoverensstemmelser og indelængde. Kvalitetsresultater bruges til at forbedre kortlægningsnøjagtigheden. Baseret på kortlægningskernen giver ZOOM Lite brugerne mulighed for at indlæse lokale læsedata og referencesekvensdata, vælge korrekte parametre, behandle data med høj lydstyrke parallelt blandt op til fire CPU'er, overvåge de kørende opgaver, gemme kortlægningsresultaterne, se graferne over kortlægningsresultater og output kortlægningsresultater i enten * .BED- eller * .GFF-filformater til yderligere kortlægning med UCSC-browserens sporoplysninger. Kortlægningsresultater kan ses i en hvilken som helst ønsket skala, fra læsedybdegrafen over et helt kromosom til detaljerede sekvensjusteringer mellem læsninger og referencesekvensen. Brugere navigerer let til interessegrupper ved blot at klikke og trække eller rulle. ZOOM Lite er et derivat af ZOOM Studio-softwaren.