RAPTOR

Beskrivelse

RAPTOR er en innovativ software designet til nøjagtig forudsigelse af proteinstruktur. Det kombinerer avancerede analyseværktøjer i en integreret softwareløsning og giver tre forskellige threading-metoder. RAPTORs unikke heltalsprogrammeringsoptimeringsmetode er mest effektiv til at finde strukturskabeloner til mål med lav sekvenshomologi og er i stand til at generere modeller af høj kvalitet. Den brugervenlige grænseflade og de letforståelige E-værdier er ideelle til begyndere og eksperter. Frem for alt giver den intuitive visning af output brugerne mulighed for blot at forstå resultaterne med det samme. Givet en målproteinsekvens, hvis der er et homologt protein med kendt 3D-struktur, kan det findes ved hjælp af sekvenssøgningsværktøjer som PSI-BLAST, også tilvejebragt i RAPTOR. Målets struktur bygges derefter ud fra den kendte struktur; når sekvenshomologien imidlertid ikke er signifikant, dvs. mindre end 25%, kan PSI-BLAST ikke komme med et selvsikker hit. I modsætning til PSI-BLAST, som simpelthen foretager en sekvenssøgning, bruger proteintrådning, foldegenkendelse både homologi og strukturinformation. Det scanner proteinsekvensen med en ukendt struktur mod en database med kendte strukturer. Ved at bruge en scoringsfunktion og udføre kompatibilitetsanalyse mellem tredimensionelle strukturer og lineære proteinsekvenser vil den bedste strukturelle skabelon blive identificeret, hvorfra sekvensens struktur kan bygges. Som et resultat giver proteintrådning en bedre forudsigelse end homologimodellering, når der er marginal sekvenshomologi.