FlexS

Beskrivelse

FlexS forudsiger konformationen og orienteringen af ​​en af ​​liganderne i forhold til den anden. I FlexS antages reference-liganden at være stiv, og den bør derfor gives i en konformation, der svarer til den bundne tilstand. Superpositionsalgoritmen i FlexS kræver kun lidt manuel indgriben. Du kan integrere denne viden i beregningerne med FlexS ved at udføre enkelte trin manuelt. FlexS er således designet til interaktivt arbejde på ligandpar samt til ligandbaseret virtuel screening. De to hovedanvendelser af FlexS er ligand superpositionering (f.eks. til CoMFA/QSAR) og virtuel screening. Hvis du har et protein og et lille molekyle, der binder til det (såkaldt reference-ligand), men ingen struktur af proteinet, kan du tage referencestrukturen som et negativt fingeraftryk af det aktive sted. FlexS bestemmer ligheden mellem testen og referencestrukturen ved at justere dem. Ved virtuel screening har du en reference-ligand og et sæt forbindelser, og du er interesseret i at prioritere forbindelserne til eksperimentel testning.