GATE

Beskrivelse

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) er en integreret computersoftwareplatform til analyse og visualisering af højdimensionelle bio-molekylære tidsserier. GATE bruger en korrelationsbaseret klyngealgoritme til at arrangere molekylære tidsserier på et todimensionelt sekskantet array og farver dynamisk individuelle sekskanter i henhold til udtryksniveauet for den molekylære komponent, som de er tildelt, for at skabe animerede film af molekylært systemniveau. regulatorisk dynamik. For at udlede potentielle regulatoriske kontrolmekanismer fra korrelationsmønstre tillader GATE også interaktiv interrogation af film mod en bred vifte af tidligere videndatasæt. GATE-film kan sættes på pause og er interaktive, hvilket giver brugerne mulighed for at rekonstruere netværk og udføre funktionelle berigelsesanalyser. Film oprettet med GATE kan gemmes i Flash-format og indsættes direkte i PDF-manuskriptfiler som interaktive figurer.