QuasiRecomb

Beskrivelse

QuasiRecomb er en let applikation, der kører i kommandokonsollen og simulerer en Markov-model til at generere virale Quasispecies. Den beskriver genereringen af ​​den virale kvasiart og en metode til at udlede dens parametre ved at analysere næste generations sekventeringsdata. Modellen er valideret på simulerede data, som viser fordelen ved eksplicit at tage rekombinationsprocessen i betragtning, og testes ved at anvende til aflæsninger opnået fra eksperimentelle HIV-prøver. Det tilbyder en implementering af EM-algoritmen til at finde maksimale a posteriori estimater af modelparametrene og en metode til at estimere fordelingen af ​​virale stammer i kvasiarterne.